坚持自主创新，中医药原创优势更加凸显。2005年以来，协调科技部设立973计划中医理论专题，共有34个项目203个课题获得立项资助。制定“中医药传统知识保护调查技术规范”，初步构建了“中医药传统知识保护数据库”。党的十八大以来，持续加大名老中医学术经验传承、古籍保护传承、中医理论基础研究等领域支持力度。实施中医药古籍保护与利用工程，整理出版《中国古医籍整理丛书》400余种。
坚持科技支撑，中医药服务能力不断提升。编制战略规划，制定发布《“十三五”中医药科技创新专项规划》等战略规划。组织实施重大科技项目，积极组织实施“重大新药创制”科技重大专项、国家重点研发计划、863计划、国家科技支撑计划等重大科技项目。国家重点研发计划“中医药现代化”重点专项已立项支持83个项目，累计投入超过10亿元。防治重大疑难疾病，建立了中医药防治传染病临床科研体系，以41家国家中医药管理局重点研究室为主体，继续开展重大传染病防治专项研究。加强中医预防保健康复研究，建立了国家中医药管理局康复研究中心，在全国建设31家省级中医康复示范中心。
坚持重点跨越，中医药创新水平不断提高。组织开展了全国第四次中药资源普查工作，在全国31个省(区、市)1332个县开展中药资源普查，结合长效机制，建成由1个中心平台、28个省级中心、65个监测站组成的国家基本药物中药原料资源动态监测和信息服务体系，布局建设了2个种质资源库。建立了40个国家中医临床研究基地、145个国家中医药管理局重点研究室、4个国家工程技术研究中心等中医药研究平台和基地。2000年以来，中医药行业共获得国家科技奖励117项。党的十八大以来，中医药行业共获得国家科技奖励50项，其中，屠呦呦获2016年国家最高科技奖。
坚持原创思维，中药现代化成绩斐然。中药研究设备、条件、人才和平台发生根本转变，建成了一批高水平中药研究平台。科技创新平台不断完善，已建立5个“国家中药工程技术研究中心”、2个“教育部重点实验室”、3个“中药安全性评价中心”和4个“规范化中药临床试验中心”。中药农业不断走向机械化，中药材产地初加工向集约化、产业化发展，中药农业服务体系逐步建立完善。中药工业成为我国医药产业的重要支柱，中国制药工业百强榜上中药企业约占1/3，多个中药企业年营业额超过100亿元。
坚持引领未来，中医药核心竞争力不断增强。制定了《中医药科研伦理管理规范》，主导建立世界中联中医药研究伦理审查体系认证，正式批准成为国家认证项目(CAP认证)。建立真实世界中医临床研究范式，推动临床科研一体化。《国际疾病分类第十一次修订本(ICD-11)》首次纳入起源于中医药的传统医学章节，150条疾病和196条证候条目纳入传统医学章节。我国学者每年发表中医药SCI论文3000余篇，占国际中医药论文比例35%。中药饮片国际化进程也不断加快，取得了显著成绩。
